Juventud Verde es una organización horizontal formada por el conjunto de los y las activistas, que son quienes toman las decisiones de mayor importancia. Las personas que conformamos Juventud Verde nos reunimos presencialmente una vez al año en la Asamblea General.

Es precisamente en la Asamblea General donde se elige a las personas que formarán la Comisión Permanente, que es el órgano colegiado y paritario que gestiona del día a día de la organización y cuyo mandato dura dos años.